Препаративные пластины ТСХ имеют более толстые слои адсорбента, чем слои 250 микрон, обычно используемые для аналитического разделения. Таким образом, препаративные пластины могут быть использованы для разделения большого количества материала. Нагрузочная способность для данной степени разрешения компонента образца увеличивается примерно как квадратный корень из увеличенной толщины слоя адсорбента. В препаративной ТСХ материалы, подлежащие отделению, часто применяются в виде длинных полос, а не пятен. После разработки конкретные соединения могут быть извлечены путем соскабливания слоев адсорбента с пластины в интересующей области и элюирования отделенного материала от адсорбента с использованием сильного растворителя.